В центре сюжета этой истории о Покемонах появляется загадочная фигура — Сакаки, лидер организации «R». Он находит сбежавшего Мьюту в отдалённом уголке региона Джото и вынашивает план повторной поимки легендарного покемона. Чтобы заманить Мьюту, Сакаки решает применить в качестве приманки его подопечных — клонов покемонов, которых держат под контролем в скрытых лабораториях и используют как живые инструменты для манипуляций. Так он конструирует новый виток интриг и подталкивает мир к угрозе, которая может выйти из-под контроля. Тем временем Сатоши и его друзья оказываются в плену у нового члена той же организации — Домино. Их задержание становится началом опасной дуги, где на кону жизни героев и судьбы невинных покемонов. Разгорается напряжённая битва за выживание, в ходе которой Мьюту сталкивается с мучительным вопросом о смысле существования созданных учёными существ и о том, есть ли у них своё предназначение. Он вынужден рассмотреть возможность мира и сотрудничества ради будущего, а не ради жестокой власти или мести.






