Сатоши и его друзья отправляются в загадочный город Ларусс, где они встречают мальчика по имени Тоои Рондо, который после перенесённой четыре года назад психологической травмы стал избегать любых столкновений с покемонами и постоянно держится на расстоянии от них. В это время Деоксис, который уже полностью оправился после недавнего боя, внезапно наводит хаос на Хоэнн: он создаёт вокруг города непреодолимый энергетический барьер и похищает людей, сея панику среди местных жителей. На помощь приходит могущественный покемон по имени Рейкваза, обитающий в озоновом слое Земли, который спускается с неба, чтобы положить конец разрушительным планам Деоксиса и вернуть мир в город. По мере развития событий Сатоши и его товарищи оказываются втянутыми в эпическую битву между двумя могучими покемонами: один стремится освободить город и людей, другой — разрушить его. Судьба Ларусса висит на грани, пока Рейкваза и его союзники сражаются за будущее региона.
