После Второго удара выжившая Япония превратилась в разрушенный город-убежище — Токио-3, который почти каждый день оказывается на грани атаки гигантских существ, именуемых Ангелами, желающих стереть человечество с лица земли. Шинджи Икари, не видевший своего отца целые три года, получает неожиданный звонок: ему нужно немедленно отправиться в штаб-квартиру организации Nerv, которая ведёт борьбу с Ангелами. Здесь против невообразимых угроз применяются огромные биомеханические машины — Евангелионы, и именно они становятся орудием обороны людей. Судьба Синдзи оказывается в его уникальном экспериментальном пилотировании: ему предстоит сесть за управление Еве-01 и сотрудничать с пилотом Евы-00, Рей Аянами. В этом мире каждый новый бой приносит тревогу, недоверие и личные драмы: город зависим от смелости подростка, а от его решения — зависит не только его собственная жизнь, но и судьба целого мира.
