После событий второго фильма Синдзи Икари просыпается спустя четырнадцать лет и не узнаёт мир вокруг. Он растерян и не может понять, что с ним происходит, но постепенно ему открывается тревожная истина, скрытая за долгой паузой времени. Обстоятельства вынуждают его снова вступить в борьбу с Ангелами, на этот раз вместе с неожиданными союзниками, чьи мотивации ставят под вопрос веру в бывших друзей. Старые раны дружеских отношений и сопротивление окружающих создают новые преграды, которые нужно преодолеть. Судьба вновь бросает Икари на передовую глобальной войны и требует от него решений, способных повлиять на судьбу всего человечества. Какой выбор он сделает в этот раз — спасение ценой сомнений или цену за мир без гарантий? Ответ придёт не сразу, но последствия затронут каждую живую душу.
