События происходят в эпоху 220X года, когда мир освоил передовые радиотехнологии и связь между мирами держится на системе, названной Волновым Пути. Главный герой — Субару Хосикава, ученик пятого класса, переживший потерю отца в космической катастрофе. Во время одного из своих обычных походов он сталкивается с загадочной инопланетной волну по имени Уор-Рок, спустившейся с далёкой звезды FM. Уор-Рок уверяет, что в курсе многих сведений об отце Субару, но за ним охотятся многочисленные чужие существа. Объединившись, они превращаются в Мегамена — радиоволнового воина, чьё существование тесно связано с энергией волн и технологией. Он способен свободно перемещаться по Волновому Пути и сражаться с вирусами, распространяемыми через радиосети, а также противостоять угрозам FM, которые нависают над Землёй. Вместе они пытаются защитить планету и выяснить истину о прошлом мальчика.
