Прошло тысяча лет с тех пор, как неизвестная раса Гауна уничтожила Солнечную систему. Это гигантские, почти неуязвимые твари, лишённые разума, сеяли хаос и разрушение. Выжившее человечество укрылось за пределами своих планет на космических флотилиях и кораблях «Сидония», которые позволили сохранить род людской. Пока люди странствуют меж звёзд, они учатся строить управляемые боевые машины, чтобы противостоять захватчикам и сохранить жизнь на Земле. В центре истории — Нагатэ Таникадзе, чьё детство и юность прошли в изоляции на борту одного из судов. Открытие его таланта к пилотированию принесло ему место в элитном отряде пилотов, и теперь он с товарищами ведёт суровую и опасную войну против Гауна, борясь за выживание всего человечества.
