Стальная тревога! Новый рейд

События аниме переносят нас на два месяца вперед после инцидента на подводной лодке «Туата Де Дананн», завершившего первый сезон. Группа «Мифрил» выходит на след таинственной организации, владеющей технологией, способной взламывать ECS — систему электронных замков и пропусков. Эту скрытую силу зовут Амальгама, и помимо прочего она располагает некой «темной технологией», полученной от загадочного источника, известного как «виспер» и близкого к Канаме Тидори. Как и многие спецслужбы, Амальгама не останавливается на достигнутом и движется к реализации своих целей любой ценой. Когда миссия по защите Чидори, возглавляемая Сосукэ Сагарой, оказывается отложенной по приказу Мифрила, всё, что нужно Амальгаме для осуществления плана, оказывается расставлено по своим местам. Так начинается новая волна интриг и манёвров, где каждая сторона готова пойти на риск ради контроля над развитыми технологиями и будущим проекта.