Зойды — это звероподобные боевые машины, которые надёжно входят в повседневную жизнь: их используют для перевозки грузов, для передвижения и в самых суровых условиях боя. Среди них особо выделяются миниатюрные Органоиды — живые существа, способные сливать в себе обычных зойдов и значительно усиливать их мощь. В центре истории оказывается Ван Флайхет, который на заброшенной лаборатории натыкается на такого Органоида и пытается уйти от преследователей — двумя незнакомыми пилотами зойдов. Здесь же ему удаётся обнаружить загадочный сосуд, внутри которого держат пленницу — таинственную девушку. Ван, спасаясь от гонителей, разбивает сосуд и освобождает пленницу, забирая Organоид с собой. Связавшийся с повреждённым зойдом Органоид мгновенно восстанавливает его и ликвидирует неисправности, благодаря чему Ван принимает решение держать Organоид рядом как друга и называет его Зеке. Пленницу зовут Фиона — Элиси Линетт (иногда упоминается как Fiona, Fine) — и ей предстоит найти конкретного зойда по имени Ева. Так начинается их совместное путешествие: Ван, Фиона и Зеке отправляются навстречу неизвестным приключениям, сталкиваясь с опасностями, загадками и новыми союзниками на пути к цели.