Пятнадцать лет назад в тихоокеанской глубине произошло крушение роскошного круизного судна после столкновения с айсбергом. Спустя годы инженер Хидэто Яширо погиб в автокатастрофе, и цепочка загадочных событий между этими инцидентами неожиданно выходит на поверхность во время первого рейса шикарного лайнера «Сент-Афродита». Удивительно радушное путешествие, которое намечено в честь давно заслуженного отдыха Когоро Мори, его дочери Ран и Конана Эдогавы совместно с детективом Трио и близкими Соноко Сузуки, проходит на удивление спокойно, пока семья Соноко не устраивает неожиданные игры в прятки и Соноко бесследно исчезает. Вскоре после этого на борту обнаруживают убийство президента компании, занимавшейся строительством «Сент-Афродиты», а её отец пропадает без вести. Расследование заходит в тупик, и только Конан постепенно приближает след к неуловимому преступнику. Не желая попасться, злоумышленник угрожает привести лайнер к гибели — взорвать судно и отправить пассажиров на дно. По мере того как трюмы заполняются водой, раскрываются мотивы и жестокие мотивы мести. Конан и Когоро Мори вынуждены вступить в схватку с убийцей, прежде чем все на борту окажутся на морском дне.
