Юный Дзиро возвращается домой и находит мать и сестру убитыми. Ложно обвинённый в преступлении, он убегает из родной деревни и сталкивается со священником по имени Тэнкай, который принуждает его убить отступника-ниндзя по имени Тародза. Выполнив приказ, Дзиро отправляется на путь обучения и становится мастером-убийцей. Много лет спустя он узнает, что он сирота и что его настоящим отцом является Тародза, тот же ниндзя, который ранее служил Тэнкаю, но бросил миссию, влюбившись в женщину из народа айнов. Юный ниндзя обнаруживает, что сёгунат намерен добыть утраченное сокровище Капитана Кидда и применить его, чтобы вновь изолировать Японию от внешнего мира. Опираясь на зашифрованные подсказки, которые Тародза держал в секрете, Дзиро вместе с девушкой-ниндзя Оюки и рабом по имени Сэм отправляются в Россию и Америку в поисках сокровища, надеясь с его помощью отомстить Тэнкаю.
