Действие происходит в январе 2118 года. Аканэ Цунэмори, исполняющая обязанности главного инспектора Бюро общественной безопасности, получает сообщение об инциденте на иностранном судне. Её союзник Ацуси Синдо, руководитель отдела статистики Минздрава и социального обеспечения, стремительно направляется на место происшествия, но по неизвестной причине расследование передают Исполнительному отделу бюро по координации действий за рубежом Министерством иностранных дел. На борту судна находят бездыханную Доктор Милицию Стронскую, к встрече с которой Ацуси пригласил её ранее. По следу оказывается организация под названием «Нарушители мира», которую Исполнительный отдел не раз преследовал. Полиция первого отдела уголовного розыска приходит к выводу, что за инцидентом стоит именно эта группировка, нацеленная на изучение работ Стронской, в частности так называемого «Документа Стронской», и формирует совместную группу с Департаментом поведенческих расследований. В команду вовлекаются Шинью Когами, бывший беглец Бюро общественной безопасности. При содействии Дзёдзи Сайги, последнего контакта доктора со стороны внешнего мира, расследование отправляется в Дэдзиму за документом. Пара Аканэ и Когами сталкивается с разгадкой, намного шире ожидаемой, затрагивающей «Документ Стронской», и несет на себе ответственность за раскрытие скрытой истины, способной потрясти японское правительство и систему «Сибилла». Это не самостоятельная история — она служит связующим звеном между двумя частями франшизы: «Психопаспорт: Грешники системы — По ту сторону царства» и «Психо-Пасс 3», одновременно обещая новые повороты и сомнения в установленном порядке.